Erste Pläne zur Schaffung eines Kirchschlager Heimatmuseums gab es bereits in den 1930er-Jahren, als der Journalist Otto Pfeiffer (1850–1937), einer der wichtigsten Kirchschlager Heimatkundler des späten 19. und frühen 20. Jahrhunderts, seine umfangreiche Sammlung zur Gründung eines Kirchschlager Heimatmuseums der Marktgemeinde Kirchschlag schenkte. Das Vorhaben scheiterte damals aber mangels geeigneter Räumlichkeiten für ein Museum. Die Sammlung Pfeiffers – in der Zeit nach dem Zweiten Weltkrieg besonders von der Gemeindesekretärin Maria („Mimi“) Gurtner gepflegt und zusammengehalten – wurde aber schließlich doch zum Grundstock des heutigen Stadtmuseums.
Erst 1984 konnte der bekannte Kirchschlager Heimatforscher Dr. Bruno Schimetschek, Vizepräsident des Verwaltungsgerichtshofes i. R., seinen Einfluss geltend machen und mit der ehemaligen Bezirksrichterwohnung im Obergeschoß des „Hofhauses“ (Hauptplatz 1) geeignete Räumlichkeiten für das Heimatmuseum finden. Am 13. September 1984 wurde das „Heimatmuseum Kirchschlag“ von Bürgermeister Alois Dopler und dem Museumsgründer Dr. Bruno Schimetschek, der einen großen Teil seiner eigenen Sammlung in das Museum einbrachte, feierlich eröffnet. Der Umbau des Hofhauses zum neuen Kirchschlager Gemeindeamt bedingte dann im November 1993 den Auszug des Museums aus dem Hofhaus. Nach der Übersiedlung des Museums in die Räumlichkeiten des ehemaligen Gemeindeamtes im Obergeschoß des jetzigen Museumsgebäudes (Kirchenplatz 1) konnte das Heimatmuseum im Mai 1995 wieder eröffnet werden.
Die Erhebung der Marktgemeinde Kirchschlag zur Stadt im Jahre 2002 ermöglichte schließlich die Umbenennung des Heimatmuseums in „Stadtmuseum“ im Jahre 2009. Ab 2013 konnten die Erdgeschoßräumlichkeiten, die bis dahin seitens der Gemeinde anderweitig vermietet waren, für das Museum gewonnen werden. Ab 2014 steht nun das gesamte Gebäude, das in seiner wechselvollen Geschichte bereits als Pfarrschule (1610–1869), Volksschule (1869–1898), Sparkassenamt (1898–1972) und Gemeindeamt (1898–1994) diente, mit insgesamt 15 Ausstellungsräumen dem Stadtmuseum zur Verfügung.